Decennialang was het Markermeer gereserveerd voor de afronding van de Zuiderzeewerken met de beoogde aanleg van de Markerwaard. In 2004 werd besloten die niet aan te leggen. Markermeer en IJmeer zijn waardevol voor mens en natuur. Zo is het gebied van belang voor het voortbestaan van diverse (beschermde) vogelsoorten. Het gebied is aangewezen als speciale beschermingszone in het kader van de Vogelrichtlijn, als internationaal erkend wetlandgebied en als Natura 2000-gebied. Met de aanleg van de Houtribdijk tussen Enkhuizen en Lelystad in 1976 is het water in het Markermeer en IJmeer afgesloten van het IJsselmeer. Daardoor bevat het water veel slib en weinig voedsel. De waterkwaliteit van het Markermeer en IJmeer voldoet niet aan gestelde doelen. Vogels, vissen en planten zijn in aantal en verscheidenheid afgenomen. Daarom zette overheden zich in om de natuur te versterken.

In het Markermeer-IJmeer wordt er gestreefd naar een Toekomstbestendig Ecologisch Systeem (TBES). Een veerkrachtig ecologisch systeem met een hoge biodiversiteit en krachtig genoeg om ook andere ontwikkelingen zoals klimaatverandering, verstedelijking, infrastructurele investeringen, economische groei en toenemende recreatie op te vangen.

In het Markermeer-IJmeer is de basis van het ecologisch systeem nog niet op orde. De voedselpiramide is gaan wankelen en dus is er onvoldoende voedsel. Het Markermeer heeft honger Om het huidige, kwetsbare systeem om te vormen naar een toekomstbestendig systeem, moeten 4 ecologische condities worden versterkt:

• Een heldere waterplantrijke zone langs de Noord-Hollandse kust.
• Een gradiënt in het rondzwevende slib van Noord-Holland (helder water) naar Flevoland (troebel water).
• Een vergroting van land-waterzones, bijvoorbeeld de aanleg van moeras.
• Het verbinden met andere gebiede, inclusief IJsselmeer en andere delen van de Nederlandse delta.

Om aan deze 4 vereisten te voldoen wordt veel onderzoek gedaan naar het systeemfunctioneren (Levend Markermeer – 2023) en maatregelen uitgevoerd om de kwaliteit te verbeteren (bijvoorbeeld binnen PAGW).