Het Trinteloverleg is een ambtelijke overleggroep waarin relevante partijen op ambtelijk niveau samenkomen om uitgangspunten, onderzoeken en resultaten te delen en af te stemmen. Op basis daarvan worden gezamenlijke adviezen opgesteld voor het BPIJ. 

Het BPIJ is een bestuurlijke groep die verantwoordelijk is voor strategische keuzes en beslissingen over het blauwe hart. Het baseert zich op integrale adviezen van het Trinteloverleg en de besluitvorming is op basis van consensus. Het BPIJ bestaat uit de samenwerkingspartners en het voorzitterschap wordt gedeeld door een dijkgraaf en een gedeputeerde. 

Het Directeuren Overleg IJsselmeergebied (DOIJ) bepaalt de strategie en stelt de (meerjaren)planning, inzet en begroting af. Daarnaast geeft het mede richting aan ambtelijke adviezen vanuit het Trinteloverleg naar het BPIJ. Het DOIJ bestaat uit directeuren vanuit financierende samenwerkingspartners (Rijk, provincies en waterschappen). 

Onder leiding van een programmadirecteur zorgt het programmabureau voor een goede samenwerking tussen alle werksporen en overlegstructuren en dat de inhoud goed wordt afgestemd en vastgelegd. Ze bereiden overleggen (TO, DO en BPIJ) voor en zorgen voor programmabeheersing. Het Programmabureau bestaat uit de trekkers van de werksporen, trekker van het KSC-team en de programmadirecteur. 

Het KSC-team heeft een verbindende en ondersteunende rol binnen het platform. Zo beheert het team de website en organiseert het de platformdagen. Vanuit het team vindt voortdurend afstemming plaats met de inhoudelijke werksporen over kennisdeling, samenwerking en communicatie. De missie van het KSC-team is om betrokken partijen en hun omgeving samen verantwoordelijkheid te laten nemen voor het collectieve belang dat het IJsselmeergebied vertegenwoordigt. 

Het Deltaprogramma IJsselmeergebied (DPIJ )werkt gezamenlijk aan de herijking van de Deltabeslissing IJsselmeergebied. Het resultaat is een gezamenlijke afweging over de waterveiligheid en zoetwatervoorziening voor toekomstige generaties. 

Op verzoek van initiatiefnemers (overheden) ontwikkelt het IJ-team ruimtelijke kwaliteitsadviezen. Het doel is om elk jaar een aantal inspirerende adviezen te geven die het unieke landschap, de archeologie en de bodemkundige waarden in het gebied versterken, terwijl de functies van het blauwe hart behouden blijven. 

Gezamenlijke afweging en advisering met betrokken partijen bij belangrijke ontwikkelingen en initiatieven die de waarden van het IJsselmeergebied raken. Afweging en advies volgt de methodiek van het IJsselmeerkompas met behulp van ontwerpend onderzoek.  

Het werkspoor EBW richt zich op het samenwerken aan het aquatisch ecosysteem. Dit doen we door samen de juiste keuzes te maken en initiatieven te starten die bijdragen aan betere waterkwaliteit en meer biodiversiteit in het blauwe hart. Dit gebeurt aanvullend op en in afstemming met bestaande programma’s zoals Kaderrichtlijn Water (KRW), Programmatische Aanpak Grote Wateren (PAGW)  en Natura 2000. 

In het ROIJ zijn ruim 20 maatschappelijke organisaties vertegenwoordigd. Het orgaan fungeert voor deze organisaties als klankbordgroep en adviseert het Bestuurlijk Platform IJsselmeergebied. Zo verbindt het de maatschappij met het bestuur en de politiek.