De Europese Kaderrichtlijn Water is leidend voor het realiseren van een goede ecologische en chemische toestand van het IJsselmeergebied. Omdat herstel van de oorspronkelijke (zoute) situatie ongewenst is, zijn de ecologische doelen gerelateerd aan de huidige situatie: zoete, gebufferde meren. Het IJsselmeergebied is voor waterkwaliteit opgedeeld in zes waterlichamen: IJsselmeer, Ketelmeer-Vossemeer, Randmeren-oost en -zuid, Markermeer en het Zwarte Water. De chemische waterkwaliteit van het IJsselmeergebied staat onder invloed van doorbelasting van de Rijn, dat via de IJssel en het Ketelmeer-Vossemeer in het IJsselmeer terecht komt. De Vecht watert via het Zwarte Meer rechtstreeks af op het IJsselmeer. Het overtollige water uit het Markermeer en de Randmeren-oost en-zuid wordt op het IJsselmeer gespuid.

Opgave voor waterkwaliteit

In de KRW wordt beoordeeld op biologische kwaliteit (fytoplankton, waterplanten, vissen, etc.), ecologische kwaliteit (nutriënten, verontreinigde stoffen) en chemische kwaliteit.

De opgave voor de waterkwaliteit van het IJsselmeergebied bestaat uit de volgende onderdelen:

• Het verbeteren van de vispasseerbaarheid van kunstwerken, toepassen van duurzame visserij en het verbeteren van paai- en opgroeigebieden voor vissen.
• De aanpak van de slibproblematiek in het Markermeer, waardoor een robuuster ecosysteem ontstaat.
• Het aanleggen en onderhouden van overgangen van land naar water ten behoeve van de KRW- en Natura 2000 opgaven.
• Het terugdringen van nutriëntenbelasting om de goede toestand te bereiken voor bepaalde planten, vissen en andere diersoorten.
• Het terugdringen van vervuilende stoffen.
• Het beschermen van de drinkwaterzone.

Het beleid voor waterkwaliteit is vastgelegd in het Nationaal Waterplan 2016-2021. De uitvoering van maatregelen voor het IJsselmeergebied is toegelicht in het Beheer- en Ontwikkelplan voor de rijkswateren (2016-2021).