Naast de zoetwaterfunctie voor landbouw en natuur, heeft het meer een drinkwaterfunctie. Als norm voor de chlorideconcentratie in het meer wordt daarvoor 150 mg/l jaargemiddeld bij innamepunt Andijk gehanteerd. Dit is momenteel de meest bepalende norm voor het beheer van het IJsselmeer. Op dagbasis mag de chlorideconcentratie oplopen tot 200 mg/l, mits dit niet langer dan 30 dagen aanhoudt én aan de jaargemiddelde norm voor drinkwater wordt voldaan. Het tegengaan van zoutverspreiding in het meer is een van de doelen van het operationele waterbeheer, omdat onder andere via de schut- en spuisluizen in de Afsluitdijk zout water op het IJsselmeer komt.

De schut- en spuisluizen in de Afsluitdijk zijn de grootste bron van zout water op het IJsselmeer. Zouttransport vindt hier voornamelijk plaats via het schutbedrijf, enkele vismigratiemaatregelen en lekkage bij de spuisluizen (en in mindere mate de scheepvaartsluizen).

Het IJsselmeer is over het algemeen een verticaal goed gemengd systeem door wind en stromingspatronen. Uitzondering hierop zijn de diepe delen vlakbij de Afsluitdijk. Daar bevindt en verplaatst het zoute water zich vooral via de diepere delen. Veranderingen in de waterkwaliteit in het IJsselmeer (en Markermeer) manifesteren zich onder droge omstandigheden op een tijdschaal van weken tot maanden door het grote volume van de meren in verhouding tot de aan- en afvoeren. Dit is zowel een voordeel als een nadeel: een verhoogde zoutlast zorgt voor een relatief trage verhoging van de chlorideconcentratie in het grote volume van het IJsselmeer, maar als de chlorideconcentraties in het meer eenmaal verhoogd zijn, is het handelingsperspectief beperkt en duurt het lang voordat de bekkens zijn doorgespoeld met zoeter water. Op het Markermeer is de verblijftijd nog hoger dan op het IJsselmeer.

Maatregelen
De zoutlast die via de spui- en schutsluizen in de Afsluitdijk op het IJsselmeer komt, wordt normaliter via spuien weggespoeld. Ook in periodes van watertekort blijft spuien het meest effectief om zoutverspreiding naar de rest van het meer te voorkomen. Indien het zoute water uit de erosiekuilen en vaargeulen zich verspreidt in het meer, is het handelingsperspectief beperkt. Dat was de ervaring in 2018. Verversing van het meer kost veel tijd Naast bronmaatregelen blijft de meest effectieve maatregel tegen zoutverspreiding het voorkómen van verdere verspreiding uit de erosiekuilen en vaargeulen. Om het vollopen van de kuilen tijdig te signaleren is een meet- en monitoringsnetwerk in en nabij de kuilen ingericht.  Ook in de toekomst wordt verder ingezet op het voorkomen en bestrijden van verzilting.

De infographic verzilting IJsselmeer en Markermeer laat zien waar verzilting optreedt en welke maatregelen er zijn genomen om de verzilting tegen te gaan.